С 1848 по 1856 год изучал живопись и статую в Краковской школе роскошных искусств в классе живописцев Статтлер, ВойцехВойцеха Статтлера и Лущкевич, ВладиславВладислава Лущкевича и архитектора Хенрика Коссовского, после этого продолжил своё обучение в Мюнхене и Риме. С 1860 по 1861 год путешествовал на Балканах и на Близком Восходе и с 1873 года — по Рф.
С 1877 по 1895 года был доктором Краковской школы роскошных искусств и с 1899 года — профессионалом по судебным делам, связанным с предметами искусства. С 1879 года был директором Общества любителей роскошных искусств.
Учениками Изидора Яблонского были Юзеф Мехоффера, Эдварда Окуня, Войцеха Вейса, Людвика Стасяка, Станислава Выспяньского и Зефирина Свиклинского.