Родился в 1620-е годы в Костроме, где был обучен ремеслу богомаза. Обладал тут иконными лавками. В 1653 году, предположительно, участвовал в росписи столичной церкви Троицы в Никитниках (Китай-город).В 1660 году был вызван для работ в Москву. В 1661 году игумен Данилова монастыря в Переславле-Залесском Савва подрядил его совместно с пятью богомазами расписать монастырскую церковь во имя Св. Троицы. В продолжение 1661—1662 годах они писали «во главе и закоморех», но не успели окончить настенную роспись, потому что были вызваны в Москву. Тут летом 1664 года Гурий с товарищами под управлением Симона Ушакова писали иконы в церкви великомученицы Евдокии, что у Сударя в сенях.
Высланный из Костромы на Москву в 1666 году, Гурий работал по возобновлению настенный росписи Архангельского собора, за что в будущем году был пожалован как кормовой богомаз первой статьи. С января по май 1668 года по поручению царя он писал самым хорошим письмом и с величавым писанием две иконы для Макария, патриарха антиохийского: «Вседержителя Спаса, а по полям 12 праздничков со страстями» и «преч. Богородицы Одигитрии, по полям кондаки и икосы и акафисты». Удачно окончив эту работу, Гурий Никитин был выслан, по челобитью игумена Саввы, в Данилов переяславский монастырь для окончания настенный росписи монастырской церкви, но в июле такого же года уже был вытребован в Москву для поправки настенного письма в церкви Григория Неокесарийского. В 1670 и 1671 годах он совместно с другими ярославскими и костромскими богомазами писал поновой настенное письмо в Успенском соборе в Ростове на дону; в 1671 же году Никитин вкупе с богомазом Силой Саввиным, «как самые добрые мастера», там же написали для Сударя две иконы: «похвалы преч. Богородицы полное, да собор пресв. Богородицы полное».
В 1678 году, работая в Москве при Посольском дворе, Гурий лупил Сударю челом о собственном переводе из кормовых богомазов в жалованные; благодаря отличному отзыву Симона Ушакова о его работах, просьба эта была удовлетворена. В 1680 году под его управлением была исполнена стенопись в Церкви Ильи Пророка в Ярославле, а в 1685 году — в Костромском Ипатьевском монастыре. В 2-ух последних работах, которые по собственному выполнению, композиции и обилию сюжетов числятся одним из самых восхитительных произведений 2-ой половины XVII века, Гурию принадлежала важнейшая роль: он «знаменил», другими словами вычерчивал контуры всех рисунков, по которым уже доканчивали письмо другие богомазы.