Зыгмунт Айдукевич изучал мастерство живописи в Вене (с 1880 по 1882 год), а потом в Мюнхене (с 1883 по 1885 год). С 1885 года повсевременно жил и работал в Вене.
Из более узнаваемых его работ следует выделить цикл из 12 полотен «Тадеуш Костюшко». Писал также портреты, жанровые сценки, картины на историческую тему. Создатель иллюстраций к роману Генрика Сенкевича «Потоп».