По догадкам, обучался живописи в Саламанке у Фернандо Гальего. В юности отправился в Италию, где работал под покровительством Федериго да Монтефельтро, барона Урбинского. В Урбино Берругете трудился вкупе с Юстусом ван Гентом над серией портретов современников Именитые мужи (папа Сикст IV и др.), познакомился с Мелоццо да Форли и Пьеро делла Франческа. В 1483 возвратился в Кастилию. Работал в соборе Св. Марии Толедской. По заказу Торквемады расписал центральный алтарь монастыря Св. Фомы в Авиле. Также работал в храме Вознесения в Санта-Мария-дель-Кампо, в монастыре Мирафлорес под Бургосом. Последние годы жизни трудился в родном городке.
В его творчестве соединяются традиции итальянского, фламандского и испанского искусства.
Отпрыск — живописец Алонсо Берругете.