Родился во Франкфурте. Обучался в Регенсбурге у Мартина Шпеера, а позднее в Риме; в 1760 вкупе с Януариусом Зиком он работает над декорациями Царского дворца в Трире. По возвращении в Регенсбург, женился, но безуспешно, и, спасаясь от злосчастной домашней жизни, уехал в 1761 году в Лондон. Тут он открывает себе живопись, вдохновлённую театром, и, благодаря Бенджамину Уилсону, знакомится с актёром Дэвидом Гарриком.
В 1762 он живойёт в доме Гаррика и изображает его на собственной картине «Возвращение фермера» (1762), положившей начало серии «сцен собеседования», воодушевленной театром и восходящей к Хогарту. Эту серию живописец продолжал прямо до 1770 года, по желанию самого актёра, заботящегося о саморекламе («Портрет Дэвида Гаррика», «Гаррик в роли Абеля Друггера»). Цоффани выполнил также несколько работ на фантастические сюжеты, также портреты в истинную величину.
В 1762, покровительствуемый Георгом III, он пишет портреты членов царской семьи («Царевич Уэльский и царевич Фридрих в виде купидонов», 1765; «Королева Шарлотта с 2-мя детьми», 1766; «Георг III с семьёй», 1770; «Королева Шарлотта, царевич Уэльский и барон Йоркский»; «Принцесса Амелия»).
В 1769 году Цоффани становится членом-корреспондентом Академии и в 1772 выставляет картину «Класс анатомии в Царской Академии», сразу приобретённую Георгом III. В 1773 он уезжает во Флоренцию, где пишет композицию «Трибуна Уффици» (1776), и в 1779 ворачивается в Великобританию, сделав по дороге остановку в Вене. В то время, когда «сцены собеседования» начали выходить из моды, Цоффани исполняет собственный шедевр, картину «Чарльз Таунли в собственной галерее скульптур» (1782). В 1783—1789 он посещает Индию, где пишет «Портрет Уоррена Хастингса с супругой». Кроме полотен на темы театра, одним из ярких мастеров которых он остаётся, его «сцены собеседования» были оценены и царской семьёй. Картины, написанные для Георга III, ввели в английскую живопись свободное изображение семей знати. Серия портретов царской семьи хранится в царских собраниях.
Погиб в Стрэнд-он-зэ-Грине, Лондон.