Ниссон Шифрин родился в семье бедного коммерсанта; получил обычное еврейское образование, потом был отдан на обучение в гимназию, по окончании которой, в 1911 году, подчинившись воле родителей, поступил в Киевский коммерческий институт. Сразу, следуя собственному призванию, в 1912—1915 годах обучался в школе рисования и живописи А. А. Мурашко.
В 1916 году Шифрин закончил институт, но коммерсантом так и не стал: в 1918—1919 годах обучался в студии А. А. Экстер — 1-го из фаворитов российского художественного авангарда; в 1920—1921 годах — в Украинской академии художеств в Киеве.
Преподавал во Вхутеине (1929—1930), Полиграфическом институте (1931—1932), ГИТИС имени А. В. Луначарского (1934—1936) — в Москве.
Член ОСТ с 1925 года. Главный живописец ЦАТСА (1935—1961). В протяжении 1930-1940 годов не прерывалось также его сотрудничество с еврейскими театрами. Выступал также в качестве живописца и иллюстратора, а именно оформил книжку В. В. Маяковского «Кем быть?» (1929).
Погиб 3 апреля 1961 года. Похоронен в Москве на Введенском кладбище.