Герберт Шильд родился 23 ноября 1938 в Мюнхене как внебрачный отпрыск. В 1960 году был усыновлен родным папой, с того времени носит имя Ахтернбуш. С 5 лет жил у бабушки под Деггендорфом в Баварском лесу, посещаал там народную школу и гимназию, которую окончил в 1960 году. В течение нескольких семестров изучал искусство в Нюрнберге и Мюнхене и начал заниматься живописью, статуей, попробовал себя в литературе, финансируя всё это за счёт случайных заработков. В 1962 году женился на Герде, преподавательнице искусства, которая родила четырех деток. В 1964 году вышло 1-ое издание его стихов. С 1969 года книжки Ахтернбуша выходят в престижном издательстве «Зуркамп».
Сначала 70-х гг. он снял 1-ые малометражные киноленты. В 1973 году познакомился с Вернером Херцогом (для которого написал сценарий кинофильма «Сердечко из стекла»), Фолькером Шлендорфом и Маргаретой фон Троттой, снимался в их фильмах. В 1974 году под воздействием этих знакомств написал сценарий собственного первого полнометражного кинофильма «Андехское чувство». Его продюсером выступил Шлендорф, Маргарета фон Тротта исполнила главную, а сам Ахтернбуш, как и во всех следующих фильмах, центральную роль.
С того времени часто снимает киноленты в качестве сценариста, режиссёра, головного исполнителя, продюсера, а время от времени и прокатчика. По содержанию и стилю они опираются на его необычную прозу и — наряду со статьями о других режиссёрах, таких как Куросава, Валентин, Фасбиндер и Херцог — являются принципиальной составляющей его различного творчества. Ахтернбуш работает с относительно неизменной группой друзей-исполнителей, со собственной супругой Гердой и дочерьми, также такими специалистами, как кинооператор Йорг Шмидт-Райтвайн.
Темы его кинофильмов коренятся в любви и ненависти к соответствующим особенностям баварской родины («пивной сад», вера в авторитеты, клерикализм), в его биографии (привязанность к мамы) и в его личных наваждениях. Нарушение табу принесло ему известность за пределами круга его поклонников: телевидение вырезало «непристойные» сцены; в 1981 году контрольный совет Баварского радио и телевидения протестовал против показа кинофильма «Привет, Бавария», в 1983 году отказ федерального министра внутренних дел Фридриха Циммермана выделить ему уже утверждённую субсидию на кинофильм «Призрак» перевоплотился в муниципальную аферу, в какой усмотрели попытку поменять культурно-политическую ситуацию в Западной Германии.