В молодости Этьен Аллегрен был учеником пейзажиста Анри Моперше (Henri Mauperché, 1602—1686). Потом, уже как самостоятельный живописец, он получал бессчетные заказы от короля, создавая направленное на определенную тематику оформление дворца Трианон и зверинца в Версале.
4 декабря 1677, всего только 33 лет от роду, Аллегрен был принят в Царскую Академию живописи и статуи.
Не считая живописи, он занимался резцовой гравюрой и офортом. Работы Аллегрена были любимы и воспользовались спросом у просвещённой публики. Этьен Аллегрен — основоположник династии живописцев и архитекторов: отец Габриэля Аллегрена (1679-1748), также художника-пейзажиста, работы которого с трудом отличают от работ отца. В свою очередь, отпрыск Габриэля, Кристоф Габриэль Аллегрен, был хотя и известным архитектором, но находился под сильным воздействием собственного более известного сводного брата, тоже архитектора Жана-Батиста Пигаля.