Родился 20 марта 1836 в Париже, в семье конструктора и художника Амвросия Пойнтер. Получил изначальное художественное образование в Вестминстерской школе и в Ипсвиче, в 1856-1859 годах. Обучался живописи в Лондоне, Риме и Париже у Шарля Глейра (совместно с Уистлером). Приобрёл известность большенными историко-мифологическими полотнами — такими, как «Израиль в Египте» (1867), «Визит Королевы Савской» (1871—1875), «Царь Соломон» (1890).
Пещера нимф Э. ПойнтераВ 1871 году стал членом Бельгийского общества акварелистов, был избран в Царскую Академию художеств в 1876 г., а в 1896 г. (по погибели ее президента Дж. Милле) стал её президентом. Сразу в 1894—1904 гг. Пойнтер занимал должность директора английской Государственной галереи. В 1902 г. ему был присвоен титул баронета.