Родился 20 апреля 1850 года в Париже. С 1868 года начал посещать Школу роскошных искусств (École nationale supérieure des Beaux-Arts), мастерскую Жан-Леона Жерома. Дебютировал на Парижском салоне в 1870 году.

Рафаэлли был дружен с Эдгаром Дега. Благодаря протекции последнего принял роль в Пятой (1880 год) и 6-ой (1881 год) выставках импрессионистов, став частично предпосылкой раскола в среде живописцев — основателей движения, так как многие критиковали Рафаэлли за поверхностно усвоенную импрессионистскую манеру.

«Первого апреля на антресолях 1-го из домов на улице Пирамид открылась новенькая, 5-ая по счету, выставка импрессионистов. Но можно ли было именовать ее выставкой импрессионистов? Прямо за Ренуаром, Сислеем, Сезанном от группы сейчас откололся сам вдохновитель выставок — Клод Моне. Из прежних участников на улице Пирамид были представлены только Писсарро, Дега, Берта Моризо и Кайботт. Зато Дега находил и завлекал новых живописцев, которым он покровительствовал. На прошлогодней выставке по его настоянию уже были показаны картины американки Мэри Кассатт, Форена, венецианца Зандоменеги. В этом году он востребовал, чтоб в выставке участвовал Рафаэлли, и согласился принять достаточно много работ друга Писсарро Поля Гогена. Моне был решительно против этих кандидатур; их роль в выставке, возможно, сыграло свою роль в том, что Моне утвердился в намерении последовать примеру Ренуара и отправить картины в Салон … Ренуар считал, что с ним обошлись не по-дружески, перестав приглашать его на групповые выставки. К тому же он, как и Моне, никак не одобрял новых участников. Он так никогда и не признал ни живописи Гогена, ни живописи Рафаэлли. О Рафаэлли кто-то произнес Ренуару: „Он был должен бы вам нравиться, он изображал бедняков“. „Вот это-то и внушает мне сомнения, — ответил Ренуар. — В живописи для меня бедняков не существует. Как, вобщем, и в жизни“, — добавил он после паузы». Анри Перрюшо, «Жизнь Ренуара».

С 1891 года Рафаэлли стал выставляться в Государственном обществе роскошных искусств и художественной галерее Жоржа Пти.

В преддверии Глобальной выставки в Париже в 1900 году Рафаэлли работал над выпуском специального издания о городке. 17 февраля 1889 года газета «Российский курьер» писала:

В Париже появился 1-ый выпуск издания под заглавием «Le types de Paris», в составлении которого участвуют: Альфонс Доде, Эмиль Золя, Эдмон де Гонкур, Антонин Пруст, Анри Гревилль, Поль Бурже и Жан Ришпен. Иллюстрируется он известным жанристом Жаном Франсуа Рафаэлли. Издание рассчитано на 10 выпусков, из которых последний выйдет как раз к открытию глобальной выставки. Он имеет в виду ознакомить иноземцев с уличными типами Парижа.

В последние годы жизни Рафаэлли сконцентрировался на разработке цветных гравюр и стал достаточно известным мастером.

Погиб Рафаэлли в Париже в 1924 году.

Творчество

От собственного учителя — художника Жерома — Рафаэлли унаследовал пристрастие к жанровым работам. Но в отличие от Жерома избрал основным объектом собственного энтузиазма бедные районы и пригороды Парижа. Рафаэлли и известен приемущественно как мастер городского пейзажа. На творчество Рафаэлли оказал огромное воздействие Дега, с которым он дружил. От него Рафаэлли усвоил беглую манеру письма и высветление палитры.

Рафаэлли также писал портреты современников, был достаточно известным рисовальщиком, иллюстратором и гравером (с его именованием связывают возрождение цветной гравюры).