Бретт родился недалеко от Рейгейта 8 декабря 1831 года, в семье армейского ветерана. В 1851 году он начал брать уроки живописи у пейзажиста Джеймса Даффилда Хардинга (James Harding). Совместно с Бреттом обучался другой британский живописец, Ричард Редгрейв (Richard Redgrave). В 1853 году Бретт поступил в школу Царской Академии, но был более заинтриговал мыслями Джона Рёскина и Уильяма Ханта, с которыми он познакомился через собственного друга поэта Ковентри Пэтмора (Coventry Patmore). Воодушевленный мыслью Ханта о научном пейзаже, Бретт посетил Швейцарию, где трудился над топографическими пейзажами, а позднее попал под воздействие художника Джона Инчболда (John Inchbold).

В 1858 году Бретт представил «Дробильщика камня», картину, которая принесла ему славу. На картине изображен мальчишка, добывающий строительный материал для дорог на фоне солнечной, кропотливо прорисованной равнины. Точность геологических и ботанических деталей очень впечатлила Джона Рёскина, который высоко оценил картину и, меж иным, произнес Бретту, что тот напишет шедевр, если посетит Валле-д’Аоста в Италии. Бретт отправился в путешествие (часть средств на него отдал Рёшкура), и выставил новейшую картину в 1859 году, вновь высоко оцененную Рёскиным, который даже её купил. Другие критики отозвались о ней более сдержанно. Какой-то из них произнес, что это «Надгробный камень пострёскинизму».

Бретт продолжил писать кропотливо прорисованные пейзажи, в том числе, в Италии, где он много бывал в 1860-х. Он всегда был внимателен к научной точности изображенной природы, но нередко привносил в картины, по совету Рёскина, моральные и религиозные мотивы. В последние годы Бретт увлекся прибрежными сюжетами и морскими пейзажами, отлично ему знакомыми, благодаря своей 210-тонной шхуне «Викинг», управляемой экипажем из 12 человек. На ней Бретт путешествовал по Средиземному морю.

В 1880-х Бретт каждое лето снимал замок в Ньюпорте, Пембрукшир, где размещалась вся его большая семья, пока он писал, зарисовывал и фотографировал южный и западные берега Уэллса. Картины этого периода были собраны совместно и выставлены в 2001 году на выставке «Прерафаэлит Джон Бретт и берега Уэллса» в Уэлльском Музее в Кардиффе.

Также Бретт с самого юношества увлекался астрономией. В 1871 году он был избран членом Царского Астрономического Общества.